Thomas Haldenwang leder författningsskyddet BFV, som är en sorts liberal motsvarighet till östtyska Stasi.
I tisdags höll han en presskonferens där han varnade tyska väljare för att rösta på Alternativ för Tyskland, AFD.
I de senaste mätningarna ligger AFD på runt 20 procent, och är därmed numera andra största parti i Tyskland vid sidan av socialdemokraterna. Partiet har på sistone rusat i opinionen trots extrem repression från myndigheter och medier.
I sitt brandtal varnade Thomas Haldenwang för att delar av AFD sprider "hat" mot minoriteter och även "ryska narrativ". AFD är det enda av partierna i förbundsdagen som förespråkar en fredslösning i Ukraina.
– Jag anser att detta är omständigheter som tyska väljare bör ha i åtanke när de fattar sina beslut, sade myndighetschefen enligt Al Jazeera.
BFV klassade nyligen AFD:s ungdomsförbund Junge Alternative som "extremistiskt", bland annat eftersom företrädare för förbundet uttalat sig "nedsättande" om makthavare. Beslutet innebär att BFV får använda samtliga tillgängliga underrättelseverktyg för att övervaka ungdomsförbundet och dess medlemmar. Det innefattar hemlig övervakning, bland annat av telefonkommunikation, samt användande av hemliga informatörer.