Under besöket filmade pojken personalen, enligt Dagens ETC, vilket vänstertidningen hävdar att ska ha skapat obehag.
Tidningen antydde att 16-åringen hade kopplingar till högerextrema miljöer och skrev att hans metod används för att trakassera och tysta biblioteksanställda.
Jan Jönsson (L), oppositionsborgarråd i Stockholm, uttalade sig i tidningen och sade att den utpekade 16-åringens beteende inte är något som får normaliseras.
– Det är väldigt obehagligt för personalen. De kan inte styra vilka böcker eller program som ska tas in. Men också för att när filmerna hittar ut på nätet skapar det ännu mer obehag och ibland ordningsstörningar på biblioteken, sade han till ETC.
Bibliotekschefen Daniel Forsman bekräftade i samma tidning att händelsen "rapporterats internt" och att personalen upplevde den utpekade 16-åringen som "obehaglig".
Samtidigt riktas kritik mot Dagens ETC:s publicering. I en intervju med SD-kanalen Riks säger den utpekade 16-åringen att han endast ville få svar på sina frågor och att han självmant lämnade biblioteket när han blev ombedd.
Pojken hävdar vidare att Dagens ETC aldrig kontaktade honom för en kommentar innan publiceringen och att han nu felaktigt framställs som högerextremist.
Partiet Medborgerlig Samling har anmält artikeln till Medieombudsmannen, då de anser att den saknar belägg och utgör ett publicistiskt övertramp mot en omyndig person.
