Spahn, som är en av dem som föreslås som efterträdare till den avgående partiledaren Angela Merkel, vill att frågan om migrationsavtalet ska diskuteras grundligt på CDU:s kongress i december.
Partiet är splittrat i frågan. Flera andra CDU-företrädare håller enligt Deutsche Welle med Jens Spahn.
Norbert Röttgen, som är ordförande i förbundsdagens utrikesutskott, anser dock att det ligger i Tysklands intresse att underteckna FN-avtalet eftersom det hjälper det internationella samfundet att kontrollera migrationen. CDU:s vice ordförande Thomas Strobl säger att de som kritiserar migrationspakten har låtit sig "drivas från vettet av högerns populistiska hysteri".
Samtidigt har även toppföreträdare för CDU:s bayerska systerparti CSU, som Peter Ramsauer, riktat hård kritik mot avtalet.
Tre av Tysklands grannländer – Österrike, Tjeckien och Polen – har redan sagt nej till migrationspakten. Avtalet ska undertecknas av FN:s medlemsstater under ett toppmöte i Marrakech i början av december.