Mannen kom till Sverige 2009 och uppgav då som asylskäl att han varit politiskt aktiv mot styret i Iran.
Migrationsverket kom dock fram till att han hade överdrivit sin aktivism och att han inte riskerade omänsklig behandling om han skickades hem igen.
Iraniern krävde då utan resultat att myndigheterna skulle behandla som "ny omständighet" att han konverterat till kristendom efter att ha kommit till Sverige.
Nu får Sverige bakläxa av Europadomstolen, som slår fast att Sverige måste pröva mannens asylskäl igen med konverteringen som grund. Enligt domstolen skulle en utvisning strida mot Europakonventionen om de mänskliga rättigheterna i artiklarna om "rätt till livet" och förbud mot "omänsklig eller förnedrande behandling".
Sverige ska enligt domen betala mannens rättegångskostnader på motsvarande 311.000 kronor.