Det är Skolinspektionen som ger skolan rätt att dela upp flickor och pojkar vid idrotts- och matematikundervisning.
Anledningen är bland annat att många av flickorna inte vill ha slöja på sig när de idrottar, något de enligt islam måste ha så länge det finns män eller pojkar i närheten.
– Vissa av våra flickor vill kunna ta av sig sjalen och ha shorts och t-shirt på lektionen. Det skulle vara svårt om det fanns jämnåriga pojkar eller en manlig lärare där, förklarar idrottsläraren Nina Da Mata.
Professor kritisk
Skolan anmäldes till Skolinspektionen av en anmälare som menar att könsuppdelningen riskerar att permanenta kvinnors underordning och bryter mot skolans uppdrag att "motverka traditionella könsroller".
Myndigheten anser dock att könsuppdelningen måste tillåtas "i det aktuella fallet". Bland annat eftersom många flickor på grund av sin religion inte skulle tillåtas delta alls i gymnastikundervisningen om de tvingades ha den tillsammans med pojkar.
Håkan Larsson, professor vid Gymnastik- och idrottshögskolan, är dock kritisk till Skolinspektionens beslut. Han tror att myndigheten viker sig för att den inte vågar gå emot islam.
– Hade det här varit en annan skola så hade beslutet blivit att skolan måste jobba med sina jämställdhetsproblem och lösa dem, säger han.
Norra Europas största
Al-Azharskolan har 700 elever och beskrivs som "norra Europas största friskola med muslimsk profil". Den håller till i S:t Jacobi gymnasiums gamla lokaler, en skola som lades ned 2002.
På den muslimska friskolan genomsyras vardagen av islam. "Skolbespisningen serverar hemmalagad mat som är fläsk- och blodfri (halal). Eleverna har ett rum där de kan be på eftermiddagsrasten", står det på skolans hemsida.