Forskarteamet från universiteten i Uppsala, Johannesburg och Witwatersrand sekvenserade genomet av sju individer som levde i södra Afrika för mellan 2.300 och 300 år sedan.
De tre äldsta individerna, som levde mellan 2.300 och 1.800 år sedan, var genetiskt relaterade till ättlingar till sydliga Khoe-San-grupper, medan de fyra yngre, som levde för mellan 500 och 300 år sedan, var besläktade med dagens bantutalande grupper i Sydafrika.
Studien publiceras i veckan i tidskriften Science.
– Studien illustrerar den befolkningsutveckling som ägt rum i södra Afrika, säger en av förstaförfattarna, Carina Schlebusch, som är populationsgenetiker vid Uppsala universitet.
Forskarnas beräkningar visade att den moderna människan utvecklades för mer än 260.000 och 350.000 år sedan baserat på de kompletta genomet från en stenålderspojke från Ballito Bay på Sydafrikas östkust.
– Detta betyder att den moderna människan uppstod tidigare än vad man tidigare trott, säger professor Mattias Jakobsson, som lett studien tillsammans med stenåldersarkeologen Marlize Lombard vid universitetet i Johannesburg.
Kartläggningen av fossil från östra Afrika har ofta använts för att datera den moderna människans ankomst till för 180.000 år sedan. Den nya dateringen sammanfaller med fossil från arkaiska människor som levde i Afrika för 300.000 år sedan, till exempel fossilen från Florisbad och Hoedjiespunt, liksom med den nyligen beskriva nya arten Homo naledi från södra Afrika. Det förefaller alltså som att det fanns 2-3 människoarter i södra Afrika vid denna tid.
– Det kommer att bli intressant att se om vi i framtiden kan finna några genetiska bevis för överlapp mellan dessa grupper, säger Mattias Jakobsson.
I studien kunde forskarna också visa att nutida Khoe-Sanbefolkningen fick en genetisk inblandning från herdebefolkning, från östra Afrika, för lite över 1.000 år sedan. Detta genom att de kunde jämför med DNA från stenåldersindivider med dagens Khoe-San-folk.
Hos järnåldersindividerna hade tre åtminstone en genvariant som skyddar mot malaria, medan två hade en variant som skyddar mot sömnsjuka. Stenålderindividerna hade inte dessa genvarianter.
– Det säger oss att järnålderjordbrukarna som migrerade till södra Afrika bar med sig dessa genvarianter, säger arkeologigenetikern Helena Malmström, från Uppsala universitet, även hon förstaförfattare.
Både paleoantropologiska och genetiska data ger allt starkare stöd till hypotesen att övergången till den moderna människan kan ha skett på flera olika platser i Afrika, såväl i söder som i norr, med genflöde mellan olika grupper. Möjligheten att nu kunna bestämma hela DNA-genomet från förhistoriska människor betyder enligt forskarna mycket för den fortsatta forskningen.
