En 29-årig man greps och minst en person skadades i oroligheterna, skriver danska BT som även publicerar en video upploppet.
Enligt danska medier var bråkmakarna muslimer men polisen uppger för BT att upploppen ska ha saknat religiöst motiv.
– I processionen uppstod någon form av tumult. En man avfyrar mellan två och tre skott upp i luften och blir då attackerad av en stor grupp människor. Vi tror inte att motivet för attacken var religiöst. Det var en isolerad uppgörelse mellan ett par grupper, säger Henrik Vedel vid danska polisen.
Den muslimska processionen markerade dödsdagen för Imam Hussein, barnbarn till profeten Muhammed. Runt 3.500 personer deltog i två separata processioner på olika ställen i Köpenhamn.