Lagen, som infördes under coronapandemin, innebär att Ungern vägrar att ta emot asylansökningar från personer som trängt över gränsen.
Istället har invandrare som velat söka asyl i Ungern fått göra det på de ungerska ambassaderna i Belgrad och Kiev.
Åtgärden, som har strypt tredje världen-inflödet till Ungern ytterligare, omfattar inte exempelvis ukrainare som flyr från kriget.
EU-domstolen anser att detta system innebär ett "oproportionerligt ingrepp" i "rätten" att ansöka om asyl vid ankomsten till Ungerns gräns.
Enligt domen kan inte heller coronapandemin, och Ungerns vilja att stoppa smittade från att komma in i landet, motivera lagen.