Partistyrelsens förslag, att det inte är "aktuellt för oss att driva frågan om EU-utträde nu", vann med röstsiffrorna 41 mot 30.
Enligt motförslaget skulle det istället framgå i valplattformen att Vänsterpartiet som tidigare vill lämna unionen, skriver TT.
Under konferensen slog partiet också fast att Vänsterpartiet ska verka inom och utanför Europaparlamentet för att skapa "ett socialistiskt Europa".
Partiledningens förslag, att det istället skulle stå "ett annat Europa", kördes över.
