Enligt häktningsframställan utfördes våldtäkten natten mellan fredagen och lördagen inne på nattklubben Allstar en knapp halvtimme innan stängningsdags.
Sundsvalls tidning skriver att 19-åringen passade på att våldta kvinnan, som är i 25-årsåldern, inne på en toalett.
Direkt efter övergreppet kunde våldtäktsmannen pekas ut och gripas av polisen. Han anhölls några timmar senare av åklagare.
Den 19-årige eritreanen är inte svensk medborgare, däremot är han medborgare i Eritrea.